Saren Arterius, un Spectre endoctriné par Sovereign
L'endoctrinement des Moissonneurs est un mode de corruption intrusif des esprits organiques, une "reprogrammation" cérébrale impliquant le conditionnement physique et mental du sujet au moyen de champs électromagnétiques, d'émissions infrasoniques et ultrasoniques, entre autres méthodes subliminales. Le contrôle qu'exerce le Moissonneur sur le système limbique du sujet le rend hautement réceptif à la suggestion.
Les êtres organiques soumis à l'endoctrinement souffrent de maux de tête et de troubles auditifs. À mesure que le temps passe, ils se sentent de plus en plus "observés" et sont victimes d'hallucinations "spectrales". À terme, le Moissonneur acquiert la faculté d'utiliser le propre corps du sujet pour encore amplifier ses signaux, alors manifestés par des voix "étrangères" dans l'esprit du sujet ...
L'endoctrinement peut ainsi créer de parfaits agents clandestins. La suggestion exercée par un Moissonneur peut contraindre un sujet à trahir ses amis, à se fier à ses ennemis, ou à considérer le Moissonneur lui-même avec une révérence superstitieuse. Si la cible appartient aux hautes sphères politiques ou militaires, les conséquences en sont donc d'autant plus fâcheuses.
À long terme, les contrecoups physiques sont irréversibles. Les fonctions cérébrales supérieurs s'atrophient et réduisent la victime à l'état végétatif. Un endoctrinement rapide est possible, mais la dégénérescence mentale est létale au bout de quelques semaines, voire de quelques jours. Un endoctrinement lent et patient permet d'en prolonger l'effet de plusieurs mois ou années. La conscience de l'endoctriné s'amenuise petit à petit jusqu'à disparaitre.
Ainsi, l'Homme Trouble peut, suivant les choix de dialogue, ne jamais se rendre compte qu'il est en fait endoctriné.
Endoctrinement physique[]
En plus de l'endoctrinement psychique, une sorte "d'endoctrinement physique" est opéré par les Moissonneurs sur la plupart de leurs pantins, comme le fut Saren Arterius (même si aucune preuve n'a été relevé, on le voit à son aspect), les Récolteurs, qui étaient à la base des Prothéens et qui ont été "reconditionnés" par l'endoctrinement (ce qui explique leur longévité depuis le dernier cycle) ou encore le cas récent en 2186 Paul Grayson.
En effet, d'importants changements physiques sont opérés par les Moissonneurs sur leur futur avatar: des tubes et autres implants cybernétiques remplacent au fur et à mesure du temps passé les organes internes, les muscles, etc., laissant uniquement l'enveloppe charnelle d'origine.