Лите, крупнейшая из лун Айте, из-за нестабильной орбиты столкнулась с планетой.
2347 год: Ковчег «Гиперион» во время сверхсветового перемещения отклоняется от курса. Бортовому компьютеру удаётся cкорректировать его без последствий.
2400-е годы
2411 год: Во время сверхсветового перемещения ковчеги автоматически обмениваются данными. Повреждения и отклонения не обнаружены.
В скопление Элея вторгается Скверна, нарушая межзвёздные коммуникации и перемещения ангара и уничтожая их планеты. Среди поражённых планет оказались все Золотые миры, обнаруженные Инициативой «Андромеда».
Спасаясь от Скверны, джардаан запускают Меридиан в глубокий космос и покидают скопление.
2497 год: Ковчег «Гиперион» регистрирует сбой датчиков. Бортовой компьютер инициирует автоматический ремонт, но восстановить массив сенсоров не удаётся.
2500-е годы
Медленно приспособляясь к существованию Скверны в космосе, ангара удаётся частично восстановить межзвёздные перемещения, однако вековая изоляция наложила на них определённый отпечаток, и отношения среди выходцев с разных планет становятся холодными, а местами — враждебными.
Кетты под предводительством Архонта впервые появляются в скоплении Элея и вступают в агрессивный конфликт с местными. Государства ангара из-за своей разобщённости оказываются неспособными выстоять против захватчиков.
Столкнувшись с общим врагом, ангара начинают объединяться для противостояния кеттам. Зарождается Ангарское Сопротивление, Госавар.
2810-е годы
2814 год: Главой Сопротивления становится Эфра Де Тершаав. Под его руководством ранее независимые и слабые ячейки Сопротивления становятся единой и организованной силой против кеттов.
Ковчеги Инициативы «Андромеда» прибывают в Андромеду, однако из-за рассеивания по скоплению Элея они теряют связь друг с другом.
2818 год
После выхода из сверхсветового движения «Нексус» сталкивается со Скверной и получает тяжёлые повреждения. Часть экипажа и колонистов, в том числе верховное руководство экспедиции, погибает.
Неизвестная личность убивает Джиен Гарсон. Убийце удаётся замести следы, и поисковая команда, обнаружив обгоревшее тело основателя Инициативы, решает, что она погибла во время столкновения со Скверной.
Из-за потерь во время инцидента со Скверной, а также повреждений «Нексуса» и дефицита припасов моральный дух пробуждённого персонала постоянно падает, и в конце концов на станции вспыхивает мятеж.
Команда Тирэна Кандроса, отправленная на поиски жизнеспособных миров, захвачена кеттами.
После того как новое руководство «Нексуса» использует для подавления мятежа колонистов-кроганов, Слоан Келли, глава безопасности станции, переходит на сторону бунтовщиков и из ультиматума — изгнание или криостазис — выбирает изгнание, покидая станцию вместе с мятежниками.
Отношения между кроганами и руководством Инициативы накаляются, когда первые узнают, что обещанное им право о совместном участии в колонизации не было одобрено руководством. Ситуация разрешается благодаря вмешательству Накмор Кеш и Драка. Кроганы тоже покидают «Нексус».
Тирэну Кандросу удаётся сбежать из плена кеттов, вместе с командой он возвращается на «Нексус», где его вскоре назначают главой безопасности станции и ополчения Инициативы.
Изгнанники под началом Слоан Келли обнаруживают Кадару — мир, населённый дезертирами из Сопротивления. Изгнав с планеты кеттов, они сами захватывают её, при этом не вступая в конфликт с Сопротивлением. Только «Роекаар» решается воевать против новых пришельцев.
Изгнанники на Кадаре разделяются — Отверженные под началом Слоан Келли сохраняют контроль над Портом Кадары, в то время как «Коллектив», под началом загадочного Шарлатана, изгоняется в пустоши.
2819 год
Ковчег «Левсиния» сталкивается с силами кеттов под предводительством Архонта и, хотя успевает сбежать от них, оказывается неспособным выйти из лабиринта Скверны. Первопроходец ковчега, матриарх Ишара, погибает в сражении с кеттами, её заменяет Сарисса Терис. Последующие недели «Левсиния» прячется в скоплении Скверны от кеттов под предводительством Храбреца — главного оперативника Архонта.
Ковчег «Гиперион» выходит на орбиту Жилища-7 и получает повреждения из-за столкновения со Скверной. На поверхности планеты команда ПервопроходцаАлека Райдера вступает в бой с гарнизоном кеттов. В попытке обеспечить безопасный отход команды с планеты Райдер подключается к одному из атмосферных регуляторов Реликтов, что вызывает взрыв. Райдер жертвует собой, спасая своего ребёнка, который занимает его место Первопроходца.
Архонт обнаруживает возможность подключения к монолитам Реликтов и начинает охоту за младшим Райдером.
Ковчег «Паарчеро» попадает в засаду кеттов, хотя ему удаётся сбежать. Часть команды решает, что постоянное бегство от неизвестного врага — не выход, и намеренно сдаёт ковчег кеттам, надеясь выиграть время для поисков слабостей кеттов. Чтобы спасти ПервопроходцаЗевин Раеку от них, команда помещает её обратно в стазис под чужим именем.
Батарианцам с «Паарчеро» удаётся сбежать и угнать кеттское судно. Они в одиночку устраивают рейды на врага, пока не вступают в контакт с «Нексусом».
Ковчег «Натанус» сталкивается со Скверной на орбите Хаварла и получает тяжёлые повреждения. Первопроходец Мэйсен Барро запускает часть криокапсул для спасения колонистов, но сам погибает до того, как успевает передать полномочия своему заместителю. Ковчег тем не менее продолжает движение в сторону Жилища-5 вместе с остальными колонистами в криостазисе.
Турианцы, оказавшись на Хаварле, объединяются под началом Авитуса Рикса и пытаются выжить, зажатые между агрессивной экосистемой Хаварла, кеттскими захватчиками и ячейками «Роекаар».
«Гиперион» вступает в контакт с «Нексусом». Оказываясь единственным Первопроходцем на «Нексусе», Райдер получает в своё распоряжение «Бурю» — последний разведывательный корабль Инициативы, переживший столкновение станции со Скверной.
Подручные Примас обнаруживают, что Архонт втайне препятствует межзвёздному сообщению с Империей, изолируя экспедиционные силы в скоплении. Учитывая его заинтересованность Реликтами, Примас начинает опасаться, что после захвата скопления он использует их мощь против Империи.
После активации Хранилища Реликтов на Эосе Райдер обнаруживает другое Хранилище на Айе, но рядом с планетой, в скоплении Скверны, «Буря» попадает в засаду сил Архонта и вынужденно совершает посадку на Айе.
Ковчег «Кила Си’ях» прибывает в скопление Элея. Столкнувшись с неизвестной опасностью, кораблю удаётся сбежать, но он вынужден скрываться. Команда отправляет сигнал тревоги на «Нексус», требуя воздержаться от поисков ковчега.
Активировав с помощью Мошаэ Сефы Хранилище Айи и найдя доказательства существования Меридиана, Райдер проникает на флагман Архонта и находит координаты Хи Тасиры, которую Архонт ошибочно считал Меридианом.
Архонт, раскрыв связь между Райдерами, СЭМом и Реликтами, нападает на «Нексус» и похищает «Гиперион», чтобы открыть путь внутрь Меридиана, используя СЭМа и его связь со вторым близнецом Райдеров.
Происходит битва за Меридиан. Силы Архонта разбиты, а сам он погибает в столкновении с Первопроходцем. Райдер активирует Меридиан и запускает систему терраформинга джардаан по всему скоплению.
Главой кеттов в скоплении Элея становится Примас. Она запрашивает военную помощь из Империи, а также проводит жёсткую чистку среди военного состава, истребляя сторонников погибшего Архонта.
