В скоплении Элея вторгается Скверна, нарушая межзвёздные коммуникации и перемещения ангара и уничтожая их планеты. Среди пораженных планет оказались все Золотые миры, обнаруженные Инициативой «Андромеда».
2500-ые годы
Медленно приспособляясь к существованию Скверны в космосе, ангара удаётся частично восстановить межзвёздные перемещения, однако, вековая изоляция наложила на них собственный отпечаток, и отношения среди выходцев из разных планет становятся холодными, а местами — враждебными.
Кетты под предводительством Архонта впервые появляются в скоплении Элея и вступают в агрессивный конфликт с местными. Государства ангара, из-за своей разобщённости, оказываются неспособными выстоять против вторженцев.
Столкнувшись с общим врагом, ангара начинают объединяться для противостояния кеттам. Зарождается ангарское сопротивление.
2810-ые годы
Ковчеги Инициативы «Андромеда» прибывают в Андромеду, однако, из-за рассеивания по скоплению Элея, они теряют связь друг с другом.
2818 год
После выхода из сверхсветового движения «Нексус» сталкивается со Скверной и получает тяжелые повреждения, часть экипажа и колонистов, в том числе Джиен Гарсон и другие руководители экспедиции, погибает.
На «Нексусе» вспыхивает мятеж. Новое руководство «Нексуса» использует для подавления мятежа колонистов-кроганов, после чего мятежников изгоняют со станции. Кроганы, не получив обещанное право о совместном управлении колонизации, тоже покидают «Нексус».
2819 год
Ковчег «Люсиния» сталкивается с силами кеттов под предводительством Архонта, и хотя успевает сбежать от них, оказывается неспособным выйти из лабиринта Скверны. Первопроходец ковчега, матриарх Ишара, погибает в сражении с кеттами, её заменяет Сарисса.
Ковчег «Гиперион» выходит на орбиту Хабитата 7 и получает повреждения из-за столкновения со Скверной. На поверхности планеты команда ПервопроходцаАлека Райдера вступает в бой с гарнизоном кеттов. В попытке обеспечить безопасный отход команды с планеты, Райдер подключается к одному из атмосферных регуляторов Реликтов, что вызывает взрыв. Райдер жертвует собой, спасая своего ребёнка, который занимает его место Первопроходца.
Архонт обнаруживает возможность подключения к монолитам Реликтов и начинает охоту за младшим Райдером.
Ковчег «Паарчеро» попадает в ловушку кеттов и оказывается захвачен. Чтобы спасти ПервопроходцаЗевин Рейку от них, команда помещает её обратно в стазис под чужим именем.