В скоплении Элея вторгается Скверна, нарушая межзвёздные коммуникации и перемещения ангара и уничтожая их планеты. Среди пораженных планет оказались все Золотые миры, обнаруженные Инициативой «Андромеда».
2500-ые годы
Медленно приспособляясь к существованию Скверны в космосе, ангара удаётся частично восстановить межзвёздные перемещения, однако, вековая изоляция наложила на них собственный отпечаток, и отношения среди выходцев из разных планет становятся холодными, а местами — враждебными.
Кетты под предводительством Архонта впервые появляются в скоплении Элея и вступают в агрессивный конфликт с местными. Государства ангара, из-за своей разобщённости, оказываются неспособными выстоять против вторженцев.
Столкнувшись с общим врагом, ангара начинают объединяться для противостояния кеттам. Зарождается ангарское сопротивление.
2810-ые годы
Ковчеги Инициативы «Андромеда» прибывают в Андромеду, однако, из-за рассеивания по скоплению Элея, они теряют связь друг с другом.
2818 год
После выхода из сверхсветового движения «Нексус» сталкивается со Скверной и получает тяжелые повреждения, часть экипажа и колонистов, в том числе верховное руководство экспедиции, погибает.
Неизвестная личность убивает Джиен Гарсон. Убийце удаётся замести следы и поисковая команда, обнаружив обгоревшее тело основателя Инициативы, решает, что она погибла во время столкновения со Скверной.
Из-за потерь во время инцидента со Скверной, а также повреждений «Нексуса» и дефицита припасов, моральный дух пробужденного персонала постоянно падает, и в конце на станции вспыхивает мятеж.
Команда Тирана Кандроса, отправленная на поиски жизнеспособных миров, оказывается захвачена кеттами.
После того, как новое руководство «Нексуса» использует для подавления мятежа колонистов-кроганов, Слоан Келли, глава безопасности станции, переходит на сторону бунтовщиков и из ультиматума — изгнание или криостазис — выбирает изгнание, покидая станцию вместе с мятежниками.
Отношение между кроганами и руководством Инициативы накаляется, когда первые узнают, что обещанное им право о совместном участии в колонизации не было одобрено руководством. Ситуация разрешается благодаря вмешательству Накмор Кеш и Драка. Кроганы тоже покидают «Нексус».
Тирану Кандросу удаётся сбежать из плена кеттов и вместе с командой возвращается на «Нексус», где его вскоре назначают главой безопасности станции и ополчения Инициативы.
Изгнанники под началом Слоан Келли обнаруживают Кадару — мир, населенный дезертирами из ангарского сопротивления. Изгнав с планеты кеттов, они сами захватывают её, при этом не вступая в конфликт с Сопротивлением. Только «Роекаар» решается воевать против новых пришельцев.
Изгнанники на Кадаре разделяются — Отверженные под началом Слоан Келли сохраняют контроль над Портом Кадары, в то время как «Коллектив», под началом загадочного Шарлатана, изгоняется в пустоши.
2819 год
Ковчег «Левсиния» сталкивается с силами кеттов под предводительством Архонта, и хотя успевает сбежать от них, оказывается неспособным выйти из лабиринта Скверны. Первопроходец ковчега, матриарх Ишара, погибает в сражении с кеттами, её заменяет Сарисса.
Ковчег «Гиперион» выходит на орбиту Хабитата 7 и получает повреждения из-за столкновения со Скверной. На поверхности планеты команда ПервопроходцаАлека Райдера вступает в бой с гарнизоном кеттов. В попытке обеспечить безопасный отход команды с планеты, Райдер подключается к одному из атмосферных регуляторов Реликтов, что вызывает взрыв. Райдер жертвует собой, спасая своего ребёнка, который занимает его место Первопроходца.
Архонт обнаруживает возможность подключения к монолитам Реликтов и начинает охоту за младшим Райдером.
Ковчег «Паарчеро» попадает в ловушку кеттов и оказывается захвачен. Чтобы спасти ПервопроходцаЗевин Раеку от них, команда помещает её обратно в стазис под чужим именем.
Ковчег «Натанус» сталкивается со Скверной на орбите Хаварла и получает тяжелые повреждения. Первопроходец Мейсен Барро запускает часть криокапсул для спасения колонистов, но сам погибает до того, как успевает передать полномочия своему заместителю. Ковчег, тем не менее, продолжает движение в сторону Жилища-5, вместе с остальными колонистами в криостазисе.
Турианцы, оказавшись на Хаварле, объединяются под началом Авитуса Рикса и пытаются выжить, зажатые между агрессивной экосистемы Хаварла, кеттскими захватчиками и ячейками «Роекаар».
«Гиперион» вступает в контакт с «Нексусом». Оказываясь единственным Первопроходцем на «Нексусе», Райдер получает в своём распоряжении «Бурю», разведывательный корабль Инициативы.
После активации хранилища Реликтов на Эосе, Райдер обнаруживает другое хранилище на Айе, но рядом с планетой, в скоплении Скверны, «Буря» попадает в засаду сил Архонта и вынужденно совершает посадку на Айе.
Ковчег «Кила Си'ях» прибывает в скоплении Элея. Столкнувшись с неизвестной опасностью, кораблю удаётся сбежать, но вынужден скрываться. Команда отправляет сигнал тревоги на «Нексус», требуя воздержаться от поисков ковчега.
Активировав с помощью Мошаэ Сефы хранилище Айи и найдя доказательства существования Меридиана, Райдер проникается на флагман Архонта и находит координаты Хи Тасиры, чтобы обнаружить местонахождение Меридиана.
Архонт, раскрыв связь между Райдерами, СЭМом и Реликтами, нападает на «Нексус» и похищает «Гиперион», чтобы открыть путь внутри Меридиана, используя СЭМа и его связь с вторым близнецом Райдеров.
Происходит битва за Меридиан. Силы Архонта разбиты, а сам он погибает в столкновении с Первопроходцем. Райдер активирует Меридиан и запускает систему терраформинга джаардан по всему скоплению.
Главой кеттов в скоплении Элея становится Примас. Она запрашивает военную помощь с Империи, а также поводит жёсткую чистку среди военного состава, истребляя сторонников погибшего Архонта.